De permanente collectie biedt een rijk en boeiend overzicht van zes eeuwen beeldende kunst in de Zuidelijke Nederlanden (België). Hoogtepunten zijn de wereldberoemde verzameling van Vlaamse Primitieven, werken van diverse renaissance- en barokmeesters, een bloemlezing uit de 18de- en 19de-eeuwse neoclassicistische en realistische periode, mijlpalen van het symbolisme en modernisme, topwerken van het Vlaamse expressionisme en een wisselend aanbod uit de verzameling moderne kunst na 1940-’45.
Het Groeningemuseum maakt deel uit van de Vlaamse Kunstcollectie, een samenwerkingsverband tussen 3 kunsthistorische musea: het Groeningemuseum in Brugge, het Museum voor Schone Kunsten in Gent en het Koninklijk Museum voor Schone Kunsten in Antwerpen.